Важно отметить, что за использование сторонней платежной системы Shopify будет брать дополнительную комиссию от 0.5 до 2% (Basic - 2%, Shopify - 1%,Advanced – 0.5%).
Подробнее про тарифы Shopify.
В сумме, для большинства тех, кто только запускает магазин и не имеет большого оборота, комиссия получается 2,4% (Fondy) + 2% (Shopify) = 4,4%, что в общем-то немало.
Кроме приема оплаты онлайн при оформлении заказа можно настроить постоплату (Наложенный платеж).